La chiesa, dedicata alla vergine Maria, fu costruita in laterizio e in pietra nello stile cistercense-lombardo ed è oggi una delle abbazie cistercensi meglio conservate in tutta Italia. L'architettura cistercense rispecchia la regola imposta dall'ordine, che proibiva l'uso di dipinti e decorazioni nelle chiese; per questo, l'abbazia di Fiastra, di una sobria e austera semplicità, sembra incarnare, in modo sublime, gli ideali di povertà ed essenzialità cui i cistercensi si ispiravano. Gli unici elementi decorativi, infatti, sono costituiti dai capitelli delle colonne, tutti diversi tra loro, scolpiti dagli stessi monaci con motivi floreali e geometrici, e da un grande rosone di marmo, presente sulla nuda facciata della chiesa. 

L'interno, anch'esso spoglio, è a croce latina con tre navate divise da archi a tutto sesto. Soltanto dopo il XV secolo, in effetti, vennero inseriti alcuni affreschi, che oggi possiamo ammirare sulle pareti delle navate laterali e nelle quattro cappelle.
La scarsa luce che vi penetra attraverso le monofore ne accentua la spiritualità dando vita a un'affascinante penombra, che sembra invitare al raccoglimento e alla contemplazione; la plasticità delle linee e delle forme e l'imponenza della costruzione, inoltre, contribuiscono a creare un'atmosfera di serenità e di pace.

Accanto alla chiesa, si è conservato anche il monastero con un bellissimo chiostro ricostruito alla fine del XV secolo, dopo il saccheggio che il complesso monastico subì nel 1422 da parte di Braccio da Montone, signore di Perugia. Il chiostro, cuore della vita monastica, è occupato al centro da un pozzo ottagonale; sul lato sud, dove oggi è rimasto soltanto il refettorio dei conversi, un tempo c'erano anche le cucine e altri refettori, poi demoliti per far posto al palazzo Giustiniani Bandini, dimora della famiglia che dal 1773 entrò in possesso della proprietà; sotto il lato nord è situata la sala delle Oliere, usata dai monaci per la conservazione dell'olio e oggi occupata dal museo Archeologico dell'abbazia; sul lato ovest, invece, si trova il "cellarium", che aveva la funzione di magazzino, mentre su quello est c'è un passaggio che conduce sia ai sotterranei del monastero, utilizzati dai monaci per custodire i viveri, sia alle cantine, in cui si produceva il vino dalle uve provenienti dai vigneti dell'abbazia.

Il complesso, infatti, è circondato da un'ampia riserva naturale, che oggi comprende un esteso bosco, dove vivono diverse specie di animali e di piante, un laghetto, due corsi d'acqua e campi coltivati, frutto di una laboriosa attività che ha saputo sfruttare la fertilità di queste terre nel rispetto, però, della flora e della fauna che hanno trovato qui il loro habitat ideale.

Comunque, l'abbazia di Fiastra resta uno straordinario esempio in cui l'arte, nella sua espressione più pura e autentica, ha preso forma in un contesto naturale di notevole bellezza e varietà, creando un equilibrio armonioso e originale che, per nostra fortuna, sembra ormai impossibile spezzare.